Gestion de la maladie de dépérissement du pommier : criblage in vitro et in planta des activités protectrices d’une collection de microorganismes contre les Pythiacées et caractérisation chimique du principal actif produit par l’isolat A. westerdijkiae A7

Résumé

Le dépérissement du pommier est une maladie tellurique causée par plusieurs espèces Pythiacée. Il est responsable de graves dommages et de pertes d'arbres dans de nombreux vergers en Tunisie. Comme la lutte chimique contre cette maladie pose des problèmes éco toxicologiques et les moyens prophylactiques ont des efficacités limitées, d’autres moyens de lutte sont activement recherchés. L’objectif de cette thèse était d’identifier un nouvel agent de lutte biologique contre les oomycètes responsables de cette maladie à partir d’une collection d’isolats fongiques et bactériens Tunisiens comme alternative au contrôle chimique. Les isolats fongiques étudiés appartenaient aux genres Trichoderma, Aspergillus et Penicillium spp., les isolats bactériens appartenaient au genre Bacillus spp. clade subtilis. Les isolats fongiques ont fortement inhibé la croissance in vitro des Pythiacées (> 40%) par rapport aux isolats bactériens ; en particulier, les filtrats de culture des isolats A. westerdijkiae A7 et T. simmonsii A2. L'évaluation de l’activité préventive et curative contre les Pythiacées sur des porte-greffes du pommier de ces deux isolats fongiques et de la souche Bacillus B2 a montré que T. simmonsii A2 était le plus efficace lorsqu'il était appliqué à titre préventif. De même, la combinaison de la souche Bacillus B2 et de l’isolat A. westerdijkiae A7 a induit une bonne protection contre les Pythiacées en préventif. La combinaison des isolats T. simmonsii A2 et A. westerdijkiae A7 a entraîné une meilleure protection en traitement curatif, alors que la combinaison des trois isolats ensemble réduisait fortement l’activité protectrice. Notre étude révèle le potentiel des isolats Tunisiens, seuls ou en combinaison, en tant qu'agents de lutte biologique contre le dépérissement du pommier ainsi qu'un effet bénéfique supplémentaire sur la croissance végétale observé au niveau des racines et de la longueur des tiges. Ainsi, nous avons sélectionnés les meilleurs candidats agissant par antibiose pour l'identification des principaux agents actifs responsables de l'activité anti-oomycète. L'isolat A. westerdijkiae A7 a été retenu avec 100% d'inhibition de la croissance mycélienne des isolats de Pythiacées testés. Plusieurs étapes de purification successives du filtrat de culture ont permis d’identifier l'acide pénicillique (acide 3-méhoxy-5-méthyl-4-oxo-2,5-hexadiénoïque) en tant que principale molécule responsable de l’inhibition la croissance mycélienne des Pythiacées testées. Étant donné que l’acide pénicillique possède des propriétés toxiques pour la santé humaine et animale, l’isolat A. westerdijkiae A7 ne pourra pas être utilisé en tant que BCA puisqu’il produit cette mycotoxine malgré nos résultats prometteurs in planta. L’ensemble de ces travaux montre le potentiel anti-oomycète des micro-organismes in vitro qui peut différer de l’activité protectrice contre les Pythiacées in planta. Ils révèlent également la nécessité de caractériser l’ingrédient actif pour les études de toxicité nécessaire au développement d’un produit de bio-contrôle.

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