Évaluation et caractérisation moléculaire du microbiote respiratoire du liquide de lavage broncho-alvéolaire obtenu des patients souffrant de pneumopathie sévère de la ville d’Abidjan, Côte d’Ivoire

Résumé

Le diagnostic étiologique des Infections Respiratoires Aiguës Sévères (IRAS) qui conditionne une prise en charge thérapeutique adéquate du patient reste un défi majeur de santé publique en Afrique. En Côte d’Ivoire, peu de travaux concernant les étiologies des pneumonies sévères ont été réalisés. L’objectif général de ce travail est de caractériser les agents pathogènes potentiels par les techniques conventionnelles et moléculaires de microbiologie à partir de Liquide Broncho-alvéolaire (LBA) de patients atteints d’IRAS. Pour cette étude, une étude expérimentale prospective a été effectuée sur les patients adultes atteints de pneumopathie alvéolo- interstitielle et menée au service de pneumophtisiologie (PPH) du Centre Hospitalier Universitaire (CHU) de Cocody et le laboratoire de la bactériologie- virologie, la plateforme de biologie moléculaire de l’Institut Pasteur de Côte d'Ivoire, entre février 2016 et octobre 2017. La recherche des agents étiologiques des IRAS s’est faite par la culture sur les géloses GSF, GSC, Chapman, EMB et par la technique moléculaire de PCR en temps réel à travers l’extraction et l’amplification de l’ADN et de l’ARN des différents pathogènes présents. Les résultats de cette étude ont montré la présence des bactéries, virus et Pneumocystis jirovecii dans les 33 échantillons de LBA selon les taux respectifs de 52,5 %, 15% et 32,5 %. Les agents étiologiques étaient en autres Streptococcus pneumoniae (9,1%), Haemophilus influenzae (27,3%), Legionella pneumophila (3%), Moraxella catarrhalis (3%), Haemophilus influenzae + Streptococcus pneumoniae (9,1%), Haemophilus influenzae + Moraxella catarrhalis (6,1%), Streptococcus pneumoniae + Staphylococcus aureus (4,8%) et de Streptococcus pneumoniae + Moraxella catarrhalis (4,8%), Klebsiella pneumonia (75%); Coronavirus OC43 (3%), Parainfluenza virus-3 PV-3 (9,1%), Rhinovirus humain (3%), Parainfluenza virus-3 (PV-3) + Coronavirus HKUI (3%) et Pneumocystis jirovecii (32,5%). L’étiologie bactérienne a donc été prépondérante dans les infections respiratoires aiguës sévères dans la présente étude menée à Abidjan. D’où la nécessité aux chercheurs de développer des algorithmes de diagnostic microbiologique des IRAS afin de prendre en charge rapidement les patients.

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