Epidémiologie et diversité génétique des géohelminthes et des filaires du genre Mansonella sp. à l’interface homme-primates non-humains au Cameroun et au Gabon

Résumé

Les Primates non humains (PNH) sont infectés par de nombreuses espèces de parasites allant des protozoaires aux helminthes. La forte prévalence de certaines infections parasitaires chez les PNH peut faire de ces animaux des réservoirs de pathogènes potentiellement zoonotiques. Les Mansonella sp. font parties des filaires qui infectent les PNH, et M. perstans est très répandu en Afrique subsaharienne où vivent une forte population de PNH. L’observation microscopique de prélèvements de sang est la méthode de diagnostic standard de M. perstans. Cependant, l’un des obstacles majeurs du diagnostic des parasites sanguicoles chez les PNH demeure l’obtention d’un prélèvement sanguin. Avec des preuves obtenues en 2010 de la possibilité d’utiliser les matières fécales pour rechercher des parasites sanguicoles, nous avons émis l’hypothèse qu’il serait possible de détecter l’ADN de M. perstans dans les matières fécales des PNH, mais aussi que la présence d'ADN de filaires dans les fèces serait associée à des co-infections avec Oesophagostomum sp., Necator sp. En effet les géohelminthiases constituent une menace pour la conservation des animaux. De nombreux GH sont partagés entre les humains et les PNH : notamment Trichuris sp., Oesophagostomum sp., Ascaris lumbricoides, les ankylostomes. Dans la deuxième partie de ce travail de thèse, nous avons étudié l’épidémiologie et la diversité génétique de ces GH chez des PNH sauvages vivant au Cameroun et au Gabon.Nous avons analysé les fèces de PNH collectés au Cameroun et au Gabon pour rechercher l’ADN de filaire du genre Mansonella sp., et de GH : Trichuris sp., Oesophagostomum sp., Ascaris, ankylostomes. Nous avons également analysé des séquences de M. perstans obtenues à partir de prélèvements sanguins sur des patients souffrants de mansonellose au Cameroun. Nous avons obtenu 121 séquences identiques aux séquences de référence d’Onchocercidae. Les séquences cox1 se sont regroupé avec les séquences de M. perstans de référence, et celles de patients camerounais porteurs du filaire. Pour ce qui est de l’association entre la présence d’ADN de filaire dans les fèces et l’infection par Oesophagostomum sp. et Necator sp., elle a été statiquement significative que chez les gorilles. Les infections par Necator sp. étaient les plus fréquentes chez les gorilles, mais elles étaient également présentes chez les chimpanzés et chez un cercopithèque hocheur. Oesophagostomum a été observée fréquemment chez les gorilles, suivis des chimpanzés, des mandrills, et des mangabeys. La co-infection Necator et Oesophagostomum a été plus observée chez les chimpanzés et les gorilles. Seulement un gorille, un chimpanzé et un cercopithèque hocheur étaient infectés par Trichuris sp. Parmi les séquences de Necator, cinq variants différents (NH1–NH5) d’ITS2 ont été détectés. L’haplotype NH5 s’est regroupée avec une séquence de Necator sp. provenant d’un humain de la Centrafrique. Les séquences d’Oesophagostomum se sont regroupé en trois clades différents représentant probablement trois espèces distinctes infectant les PNH étudiés. Les séquences de Trichuris, se sont regroupé dans un clade contenant des séquences de T. trichiura et de Trichuris sp. provenant d’humains et de PNH.Pour conclure, nous avons détecté pour la première fois l'ADN de Mansonella sp. dans la matière fécale de PNH. Cette thèse apporte des données sur la prévalence et la diversité génétique des Mansonella sp et des GH chez les PNH du Cameroun et du Gabon. Ces données n’étant pas suffisantes, les recherches futures devraient utiliser plusieurs marqueurs moléculaires et la technique de séquençage de nouvelle génération (NGS) pour une meilleure identification, des espèces de Necator et d'Oesophagostomum infectant les PNH. Ces études doivent être élargies, non seulement aux animaux domestiques, mais aussi à la population humaine vivant en bordure des parcs.

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