Résistance du VIH aux antirétroviraux dans une cohorte de patients suivis selon les recommandations nationales à Abidjan (République de Côte d'Ivoire)

Résumé

Justification : La sélection des mutations de résistance est l’une des principales conséquences de l’échec virologique. L’accès à la charge virale permettant de détecter les échecs virologiques précoces reste limité et les tests génotypiques de résistance (TGR) sont rares. Il est nécessaire de déterminer le profil de résistance du virus de l’immunodéficience humaine (VIH) aux antirétroviraux (ARV) et la phylogénie moléculaire chez des patients traités en échec thérapeutique à Abidjan (Côte d’Ivoire). Objectifs : Le but de notre étude est d’étudier les profils de résistance du VIH-1 chez des patients traités par des ARV à Abidjan (Côte d’Ivoire). Matériel et méthodes : Les patients de cette étude ont été recrutés entre 2012 et 2017, dans le cadre de différents projets de recherches thématiques de l’unité de biologie moléculaire du laboratoire de virologie du CIRBA. Il s’agit de deux cohortes. La première cohorte était constituée à partir de 61 enfants issus d’une cohorte nationale prospective au CIRBA de 2012 à 2013 regroupant 260 enfants infectés par le VIH-1. La seconde cohorte était constituée à partir de 182 patients adultes suivis en routine au CIRBA de juin 2015 à juillet 2017. Au total, nous avons disposé d’une cohorte de 243 patients. Les TGR sur les gènes de la protéase et de la transcriptase inverse ont été réalisés et interprétés selon l’algorithme de l’ANRS (www.hivfrenchresistance.org). Les arbres phylogénétiques réalisés grâce aux logiciels BioEdit v7 et Mega7 ont permis de déterminer les sous types viraux. Résultats : Dans la première cohorte, il ressort qu’à partir de 260 enfants, 61 ont été inclus dans notre étude soit 23 % (n=61/260). Le genre féminin représentait 57 % (n=35/61). L’âge médian était de 11 ans (03-17). La charge virale médiane était de 4,4 log10 copies/mL (03-6,6) avec une médiane de CD4 de 411/mm3 (33-1388). La médiane de durée sous traitement était de 6 ans (01-12). Les souches non B du VIH-1 représentaient 100 % (n= 61/61) des sous-types viraux observés. L’analyse des 61 séquences a permis d’identifier 56 substitutions dont 93 % (n=52/56) étaient des mutations mineures et 7 % (n=04/56) des mutations majeures. Parmi les enfants, 8 étaient résistants aux IP soit une prévalence de 13 % (n= 8/61). Les mutations associées à la résistance étaient au nombre de 24. Les mutations mineures plus fréquentes étaient M36I et K20I avec une fréquence respective de 100 % (n= 8/8), H69K 88 % (n= 7/8), L89M et I54V avec une fréquence respective de 75 % (n= 6/8) et G16E 50 % (n= 4/8). Les mutations majeures étaient V82A 75 % (n= 6/8), M46I 63 % (n= 5/8), L90M 38 % (n= 3/8) et L76V 13 % (n= 1/8). Aucune résistance à TPV/r et DRV/r n’a été observée. On a noté une résistance à IDV et FPV/r avec une fréquence respective de 75 % (n= 6/8), NFV et SQV/r avec une fréquence respective de 50 % (n= 4/8), ATV/r 38 % (n= 3/8) et LPV/r 25 % (n= 2/8). Dans la deuxième cohorte, il ressort que 182 patients ont été inclus dans notre étude sur la période de juin 2015 à juillet 2017. L’âge médian était de 43 ans (18-75). Le genre féminin représentait 53 % (n = 96/182). L’analyse phylogénétique a montré que le CRF02_AG était le plus représenté (83 %). On note également la circulation du sous-type A (9 %), B (2 %), C (1 %), D (1 %) et de recombinants complexes CRF02/A1 (1 %), CRF02/CRF09 (1 %), CRF09_cpx (2 %) et CRF06_cpx (2 %). La fréquence de résistance à au moins une molécule ARV était de 74 % (n= 134/182). Elle était de 87 % (n= 117/134) aux INTI, 81 % (n= 108/134) aux INNTI et 37 % (n= 49/134) aux IP. La fréquence de résistance à deux classes était de 45 % (60/134) aux INTI/INNTI et 12 % (16/134) aux INTI/IP. La fréquence de résistance aux trois classes (INTI/INNTI/IP) était de 24 % (32/134). Les mutations de résistances fréquemment rencontrées étaient pour les INTI : M184V (88 %), les « thymidine analogue mutations » (23 %) ; pour les INNTI : la K103N (65 %). Quant aux IP, la résistance à LPV/r, ATV/r et DRV/r étaient respectivement de 78 %, 57 % et 14 % de la résistance aux IP. Conclusion : Les différents travaux réalisés au cours de cette thèse ont permis de confirmer la prédominance du CRF02_AG mais ont montré une évolution de la diversité génétique des souches circulantes. Les analyses ont montré une prévalence élevée de la résistance chez les patients en échec thérapeutique suivi en routine. Ces données sont en faveur d’un accès accru à des options de médicaments de troisième ligne, idéalement guidées par des TGR, pour assurer le succès du traitement du VIH-1 en Côte d’Ivoire. En prévision, des efforts accrus doivent être déployés pour réduire les prix des médicaments de troisième ligne actuellement inabordables, y compris les inhibiteurs DRV/r et raltégravir (RAL).

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