Caractérisation phénotypique, moléculaire et antibiorésistance des souches de Salmonella spp. et de Escherichia coli isolées d’échantillons de viande vendues dans les marchés et d’échantillons provenant des patients.

Résumé

Les infections à Salmonella et à E. coli dues aux souches d’origine humaine et animale constituent un problème majeur de santé publique. L’objectif de ce travail était d’évaluer la prévalence des sérotypes de Salmonelle et de E. coli isolés chez les patients et dans les viandes des animaux afin de mieux connaitre les germes qui circulent dans nos régions et aussi de déterminer leur profil de sensibilité. Un total de 450 échantillons de viandes de bœuf (n= 175), de mouton (n= 175), de boyaux de bœuf (n= 50) et de mouton (n= 50) ont été collectés dans 25 marchés de la ville de Ouagadougou, Burkina Faso. La recherche et l’isolement des souches de Salmonella spp. et de E. coli des patients ont été effectués dans les échantillons de selles provenant du Burkina Faso, du Mali et du Niger. L’identification des germes a été effectuée selon les méthodes standards de microbiologie et les analyses moléculaires ont été effectuées par une PCR multiplex. Le sérotypage de Salmonella et E. coli entéropathogène a été effectué par agglutination avec des antisera. L’étude de la sensibilité aux antibiotiques (amoxicilline + acide clavulanique (10μg), aztreonam (30µg), ticarcilline (75μg), cefalotine (30μg), cefamandole (30µg), cephalexine (30µg), ceftriaxone (30μg), cefepime (30µg), imipenème (10μg), gentamicine (15μg), tetracycline (30μg), chloramphénicol (30μg), acide nalidixique (30μg), ciprofloxacine (5μg)) des souches a été évaluée par la méthode de diffusion des disques en milieu gélosé. La recherche des bétalactamases à spectre étendu a été réalisée selon les méthodes classiques. Les résultats obtenus montrent que 19,11 % (86/450) et 30 % (135/450) des échantillons de viandes analysés étaient respectivement contaminés par des Salmonella spp. et E. coli. L’analyse moléculaire montre la contamination par differents pathovars de E. coli tels que les ECST à 14 %, ECST-ECET à 13 %, ECEA à 1 %, ECEI à 2 % et ECET à 1 %. Le sérotypage de E. coli montre la présence des 12 sérogroupes de ECEP (O111, O26, O55, O86, O119, O127, O125, O126, O128, O114, O124, O142) avec des proportions différentes. Quant aux échantillons d’origine clinique, 131 souches de Salmonella enterica et 64 souches de E. coli ont été collectées respectivement au Burkina Faso à 37 % et 18,75% au Mali à 48 % et 25% et au Niger à 15 % et 56,25%. L’étude de la sensibilité des Salmonella enterica et des E. coli aux antibiotiques a montré que les souches étaient résistantes vis-à-vis des antibiotiques testés. Des résistances élevées ont été obtenues sur la tétracycline, la ticarcilline et la cefalotine (resistance comprise entre 50 à 100 %) sur toutes les catégories des souches testées. Il a été observé dans les trois pays l’émergence des souches résistantes aux céphalosporines de 3ème et 4ème générations avec production de BLSE. La présence de ces germes notée lors de cette étude témoigne de la mauvaise manipulation des carcasses et d’une insuffisance d’hygiène. Cette étude confirme également le caractère inquiétant de l’évolution de la résistance aux antibiotiques de Salmonella et de E. coli en milieu hospitalier. Il est donc nécessaire de prendre des mesures afin de préserver les antibiotiques encore efficaces, et de limiter la propagation des souches multirésistantes.

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