REPLICATION RESIDUELLE ET RÉSISTANCE DU VIH-1 AUX ANTIRETROVIRAUX CHEZ LES PATIENTS SOUS SCHEMA TENOFOVIR/LAMIVIDUNE/DOLUTEGRAVIR (2021 À 2023) AU CENTRE POLYVALENT AL-NADJMA/APMS/TCHAD

Résumé

La réplication résiduelle et les mutations de résistance sont les principales conséquences de l’échec thérapeutique. Les stratégies visant à améliorer l’accès à la charge virale de routine sont limité, et les tests génotypiques de résistance anti VIH sont rares. A l’ère du Dolutégravir, il est nécessaire de déterminer le profil de résistance du VIH et les différentes mutations aux antirétroviraux chez les patients traités par le TLD au Centre Polyvalent AL-Nadjma à N’Djamena. Les patients ont été recrutés entre Avril 2022 à Décembre 2023 dans la ville de N’Djamena, Il s'agissait d’une étude rétrospective et prospective à visé analytique. Au total 108 sang total ont été collectés, extraits et amplifiés avec la technique de RT- RT-PCR et 24 échantillons ont été séquencés à partir de l’ARN plasmatique du VIH-1 couvrant le gène de la transcriptase Inverse et le gène de l’intégrasse avec la technologie de Oxford Technoloy Nanopore (ONT) sur un séquenceur GridION. Les données ont été analysées avec le logiciel R Studio, L'analyse des mutations et le profilage de la résistance aux médicaments antirétroviraux (HIVDR) ont été réalisés à l'aide du logiciel HIVDR, et la classification taxonomique initiale a été réalisée à l'aide de Kraken2 sur des données FASTQ. Le sous-typage a été réalisé à l'aide de l'outil de sous-typage REGA (Peña et al, 2013) et de l'outil de sous-typage HIVDR, appliqués à la fois aux séquences consensus et aux contigs assemblés. L'outil de sous-typage COMET (Struck et al, 2014) a été utilisé pour confirmer ou réfuter indépendamment les attributions de sous-types de REGA et HIVDR. Les résultats de cette étude ont révélé une prédominance féminine avec 70% (76/108) avec un sex-ratio H/F de 0.42. L’âge moyen des patients était de 40.58 ± 9.58 ans. La prévalence de la réplication résiduelle persistante était 22,22% (n = 24/108), 54,60% (n = 59/108) des patients avaient un succès virologique, et 19,44% (n = 21/108) des patients avaient une charge virale supérieure ou égale 1000 copies/mL et 3,70% (n = 4/108) avaient une charge virale plasmatique invalide. Les facteurs influençant la réplication résiduelle étaient liés à l’âge avec une prévalence de 27.27 % des patients dans la tranche d’âge de 40 à 50 ans, à la CV initial du VIH avec 18.66% chez les patients qui avaient une CV initial entre 40 – 200 copies/ml et de 22.22% chez ceux ayant une CV initial entre 501 - 999 copies/ml, à un TAR antérieur, la plupart des patients étaient sous un TAR antérieur composé de (Viraday®). Une prévalence de 23,95% de la virémie résiduelle à bas niveau a été observée chez ces patients et aussi à une non observance avec une prévalence de 7,40%.de la virémie résiduelle. L’analyse des 24 séquences a permis d’identifier 17 mutations majeures et 8 génotypes et du VH-1 circulent avec une forte prévalence du sous type recombinant CRF02_AG (22,7%), suivis du « R-sous-type D »avec 18,7%. Les mutations associées à la résistance aux INNTI étaient au nombre de 4 retrouvées chez 9 patients et le plus fréquent était la mutation K103N 37,5% (n= 9/24), G190A 8,33% (n=2/24), K101H et V106I avec respectivement 4,66% (n=1/24). Concernant les INTI six (06) principales mutations étaient rencontrées chez 6 patients, les plus fréquents étaient V75I 20,83% (n=5/24), M184V 8,33% (n=2/24), K65E, M41L, K70Q et M184I étaient respectivement de 4,66% (n=1/24), une association de la mutation M184I, M41L et K7OQ chez un patient. Une prévalence de 16,66% a été observée avec 4 différentes mutations de résistance aux médicaments de la classe des INI. Le plus retrouvé a été la mutation E138K 12,50% (n=3/24), les deuxièmes mutations les plus courante étaient les G118R et T66I avec respectivement 8,66% (n=2/24) et E157Q a été retrouvé chez seulement un patient avec une prévalence de 4,16%. Les différents travaux réalisés au cours de cette thèse ont permis de déterminer la prévalence de la réplication résiduelle et aussi confirmer la prédominance du CRF02_AG qui a montré une évolution de la diversité génétique des souches circulantes. Nos résultats soutiennent l'utilisation généralisée des INI tels que le DTG en association avec d’autre classes de médicament dans les centres de prise en charges des PVVIH, mais la présence de la virémie résiduelle et des mutations accessoires avant le traitement nécessite une surveillance longitudinale de ces deux phénomènes qui contribuent à l’échec thérapeutique et virologique au Tchad. Mots clés : réplication résiduelle, Patients VIH-1 sous TLD, mutation, Résistance aux ARV, Tchad

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